İsa Çelebi önce Balıkesir (Karesi) civarında yerleşti. Timur ordusunun şehri ele geçirip talanından sonra Bursa’da Timur’un beratı ile emir olarak hükûmet süren kardeşi Musa Çelebi ile mücadeleye başladı. Önceki çatışmalarda Musa Çelebi üstün geldi ise de sonra Balıkesir civarında yapılan bir çarpışmada İsa Çelebi galip geldi ve Musa Çelebi Germiyan (Kütahya)’ya kaçtı. İsa Çelebi Bursa’da Timur’dan beratlı emir olarak hüküm sürmeye başladı. 1403’te Amasya’da bulunan kardeşi Mehmet Çelebi, Yıldırım Beyazid’in meşhur komutanlarindan olan Subaşı Eyne Bey’in tavsiyesi ile, İsa Çelebi’ye bir mektup göndererek Anadolu topraklarının ikisi arasında bölüşülmesini önerdi. Bu öneri İsa Çelebi tarafından kendisinin “ulu karındaş” olduğu ve bu nedenle hükümdarın kendisi olması gerektiği gerekçesiyle reddedildi.

İsa Çelebi, Mehmet Çelebi ile birçok kez savaşa girişti ama hepsinde başarısız oldu. En son denemesinde Karamanoğlu’na iltica etti. Karamanoğlu Anadolu’da çok güçlenmiş olan Mehmet Çelebi aleyhtarı harekete geçmemeyi tercih etti ve Mehmet Çelebi ile anlaşıp İsa Çelebi’yi ülkesinin sınırları dışına attı. İsa Çelebi bir süre atalarının yurdu olan Sultanönü’ne gelip burada saklandı. 1406’da İsa Çelebi Eskişehir’de bir hamamda iken Mehmet Çelebi adamlarının bir baskınına uğradı. Bunlar tarafından yakalanıp boğularak öldürüldü. Cesedi, Bursa’da Murad Hüdavendigâr türbesi yanına gömüldü. Böylece 1406’da Osmanlı Devleti Mehmet Çelebi Anadolu’da ve Emir Süleyman Avrupa’da hükümdarlar olarak fiilen ikiye bölünmüş oldu.

1402’de Ankara Savaşı’nda Osmanlı ordusunun sol kanadı komutanı olan Süleyman Çelebi yenilgiden sonra Yıldırım Beyazid’in veziriazamı olan Çandarlı Ali Paşa ile birlikte Timur birliklerinin yakın kovalaması altında Rumeli’ye doğru kaçmaya başladılar. Timur birlikleri Bursa’ya Süleyman Çelebi oradan ayrıldıktan hemen sonra girip şehri yakıp yıkıp talan ettiler. Süleyman Çelebi Ağustos 1402’de Gelibolu’ya geldi. Venedik ve Geneviz gemileri onu ve askerlerini Rumeli yakasına taşıdılar. Yabancıların bu fena inancı Timur’un çok kızmasına neden oldu ve belki de Timur’un başlarında Tatar ordularının ta İzmir’e gidip Anadolu da önemli bir Hristiyan kalesi ve deniz üssü olan İzmir’i kuşatıp bütün Hristiyan savunucularının öldürülüp kesik başlarından piramidler yapılmasına bir neden oldu.

Süleyman Çelebi önce çevresinde bulunan komşu devletleri yandaş edinmek için meşru hükümdar adı altında müzakereler, anlaşmalar yaptı sonrasında ise Osmanlı içinde gücünü artırdı. Bu zamandan sonra ise Anadolu’ya seferler düzenledi. En sonunda 17 Şubat 1411’de bir kış havası altında Musa Çelebi Edirne’yi bastı ve demoralize olmuş olan Süleyman Çelebi taraftarları buna karşı koyamadı. Süleyman Çelebi o sırada sarhoş ve bir hamam aleminde bulunmaktaydı. Kendisine kardeşinin baskınından haber getiren yandaşlarını çok sinirli bir şekilde kovmaktaydı ve hatta ceza olarak bazılarının sakal ve bıyıklarını tıraş ettirdi. Sonunda aklı başına gelip gece karanlığında yanında çok az sayıda adamıyla İstanbul’a doğru kaçmaya koyuldu. Döğenciler köyüne geldiği zaman kılavuzu ihanet edip köylülere onun kimliğini bildirip onları kışkırttı ve köylüler de sırf Musa Çelebi’den bahşiş alabilmek gayesiyle Süleyman Çelebi’yi öldürdükleri rivayet edilir.

Musa Çelebi Ankara Savaşı’nda Timur’a tutsak düşen babasının yanında esir olarak kaldı. Bazı kaynaklara göre, Yıldırım esarette 1403’de ölünce cenazesi Timur’un emri ile Musa Çelebi eşliğiyle Bursa’ya gönderildi.

Bursa Timur ve ordusunun işgaline uğramış, talan edilmişti. Musa Çelebi Timur’dan beratlı olan bir emir olarak Bursa’da hükûmet etmeye başladı. Aynı yıl İsa Çelebi Karesi cıvarlarına gelip Musa’yı tehdide başlayınca, Musa Çelebi ona karşı bir sıra başarılı hücumda bulundu ama onu ortadan kaldıramadı. Balıkesir civarındaki en son çarpışmada Musa Çelebi yenildi. Önce Germiyan’a kaçtı ve oradan da Karamanoğlu Mehmet Bey’e sığındı. Musa Çelebi 1409’da sonradan Bursa’yı eline geçirmiş ama bu şehri Süleyman Çelebi’ye kaptırıp Amasya’ya çekilmiş olan kardeşi Mehmet Çelebi’den bir mektup aldı. Süleyman Çelebi’yi ortadan kaldırmak üzere bir strateji bulup üzerinde anlaşmak üzere iki kardeş Kırşehir civarında, Cemele Kalesinde buluştular.

Kabul ettikleri plana göre Musa Çelebi Rumeli’ye, Eflak’a geçecek; civardan topladığı askerlerle Edirne üzerine yürüyecekti. Mehmet Çelebi ise, bunu önlemek için Süleyman Çelebi’ce boş bırakılan Bursa’ya hücum edecekti. Yani Mehmet Çelebi ve Musa Çelebi Osmanlı devletini ikiye bölmeyi, Musa Çelebi’nin Edirne’de Osmanlı Rumeli toprakları sultanı olmasını, ve Mehmet Çelebi’nin ise Bursa’da Osmanlı Anadolu toprakları Sultanı olmasını kabul ettiler. Musa Çelebi bir gemi ile Sinop’tan Eflak’a geçti. Eflak voyvodası olan Mirce’nin kızı ile evlendi. Mirce’nin sağladığı çok sayıda Eflak askerleri ile Türkmenlerden oluşan yeni bir ordu kurdu. Bunu haber alan Süleyman Çelebi Bursa’dan hemen Bizans desteği için Konstantinopolis’e ve oradan da Edirne’ye geçti. Amasya’dan yürüyen Çelebi Mehmet de Bursa’yı eline geçirdi. Musa Çelebi yeni topladığı ordusu ile 1410’da Balkanlardan güneye indi; Bizans’tan askerî destekli Süleyman Çelebi ordusuna karşı Edirne ile Kosmidion (Eyüp) arasındaki bölgede bir dizi baskın ve ufak çarpışmalar başlattı.

Musa Çelebi ordusuyla en son olarak 17 Şubat 1411’de bir soğuk kış gecesi, Süleyman bir hamamda içki alemindeyken, Edirne’yi bastı. Süleyman Çelebi taraftarları ve ordusu moral yitirmiş ve bir kısmı ayrılmıştı. Diğerleri ise onu savunmaktan kaçındılar. Süleyman durumu bildirenlere önce inanmayıp onlara hakaret etti; ama sonunda durumunun vehametini anlayınca geceleyin yanında çok az sayıda adamıyla Edirne’den kaçtı. Ama Döğenciler köyüne gelince tanındı ve köylüler Süleyman’ı öldürüp kesik başını Edirne’ye, Musa Çelebi’ye gönderdiler.

Böylece Musa Çelebi 1410’da Edirne’de tahta geçti. Osmanlı Devleti Çelebi Mehmet Anadolu’da ve Musa Çelebi Avrupa’da hükümdar olarak ikiye bölünmüş oldu. Rumeli yakasında Edirne’de hükûmet sürmeye başlayan Musa Çelebi, Süleyman Çelebi’den daha etkin politikalar uygulamaya başladı. Önce sınır gazilerinin isteklerini karşılayarak Köprülü ve Provadı kalelerini Nobirdagümüş madenleri merkezini eline geçirdi. Mihaloğlu ve akıncıları Makedonya’nın içlerine akınlar yaptı.

Bizans Imparatoru ile Süleyman Çelebi’nin yaptığı anlaşma feshedildi. Bununla birlikte Süleyman Çelebi’nin Bizans’a terk etmiş olduğu arazileri geri istedi ve bu isteğinin rededilmesi ve gerçekte Süleyman Çelebi’ye verdiği destek dolayısıyla II. Manuel’i cezalandırmak gerektiğini düşündü. Bizans’ın eline geçmiş olan bölgeleri Musa Çelebi tekrar aldı. Ama Musa Çelebi’nin uyguladığı esas 1412’de yeni bir Konstantinopolis kuşatması başlatması oldu. Musa Çelebi’nin ufak deniz gücünün yenilgiye uğratılması ve Konstantinopolis kara surlarının aşılmaz olarak görülmesine rağmen Musa Çelebi karadan kuşatmaya devamda ısrar etti. 1411’de Bizans İmparatoru İstanbul’da rehin olarak tutulan Süleyman Çelebi’nin oğlu Orhan Çelebi’yi serbest bıraktı. Orhan Çelebi kendine asker toplayarak Selanik’te isyan çıkarttı. Fakat Musa Konstantinopolis kuşatmasını bırakmadan bu isyan bastırıldı. Bu birlikler sonra da Bizans’a ait olan Teselya bölgesine akınlar yaptılar.

Musa Çelebi’nin haşin tabiatı ve kendini taraftarlarından ayrı tutması onların gücenmelerine yol açtı. Örneğin Eski Saray etrafına yaptırdığı yüksek surlar kendi şahsi güvenliği için uygun gelmekle beraber; kendini halktan ve taraftarlarından ayırmasını sembolize etmekteydi. Balkanlarda bulunan Gazi akıncıların kazanmış oldukları güç, ganimet ve onlara verilen tımarları imtiyazlar olarak görerek onları azaltmaya koyulup sınırlardaki gazi emirleri gücendirdi. Şeyhülislam olarak atadığı Şeyh Bedreddin’in fikirleri ile, hem medreseli Sûnnileri hem de ülkenin zengin ileri gelenlerini kızdırdı. Devletinin idaresini elinde tutan Çandarlı vezirleri Bizans’la ve Anadolu’da bulan Mehmet Çelebi ile gizli müzakerelere giriştiler.

Bizans İmparatoru 1412 başlarında Bursa’ya bir gizli elçi gönderdi ve Mehmet Çelebi’yi İstanbul’a davet etti. Onu 3 gün süren şaşaalı bir ağırlama töreni ile Musa Çelebi’ye karşı savaşa ikna etti. Bizanslılar Mehmet Çelebi ordusunu Boğaz üzerinden Rumeli’ye geçirdiler ve Ekim 1412’de iki kardeş İnceğiz Muharebesi’ne giriştiler. Bu muharebede Musa Çelebi galip geldi. Mehmet Çelebi yaralandı. İstanbul’a, sonra da Bursa’ya çekildi. Mehmet Çelebi bundan yılmadı. O yılın sonlarında yeni bir ordu ile gelip Boğazı geçti ve Bizans ve Sırp askeri takviyeleriyle Musa Çelebi üzerine yürüdü. Bir seri çatışmalar yapıldı ve bu ikinci seferki çatışmalarda da Musa Çelebi galip gelip kardeşini Bursa’ya geri püskürttü. 15 Haziran 1413’de Mehmet Çelebi yeni bir orduyla Karadeniz üzerinden Trakya’ya asker çıkardı. Musa Çelebi’nin askerleri bu sıralarda iyice moral yitirmiş ve ümera da Musa Çelebi’ye yüz çevirmişti. Bu sefer iki kardeş ordusu Vize Muharebesi’ne giriştiler. Bu sefer Musa Çelebi mağlup oldu ve muharebe meydanından kaçtı. Ama Edirne’ye gitmedi. Mehmet Çelebi bir süre, Musa Çelebi’yi yakalamak için Trakya’da uğraşı verdi. 5 Temmuz 1413’te Musa Çelebi küçük bir ordusu ile Sofya yakınlarında, Samkov civarında bulunan Çamurlu Derbendi’nde kıstırıldı; büyük bir direniş gösterdi; ağır yaralandı; kaçmaya çalışırken bir çeltik arığına düştü. Mehmet Çelebi askerleri Musa Çelebi’yi burada yakalayıp, hemen boğup öldürdüler. Musa Çelebi’nin cenazesi Bursa’ya gönderilerek kardeşleri İsa Çelebi ve Emir Süleyman yanında Yıldırım’ın türbesine gömüldü.

Mehmet Çelebi Ankara Savaşı’nda Osmanlı ordusunun ihtiyat ve artçı birlikleri komutanlığı yapmaktaydı. Bu savaşın ön saflarında yer almadığı için yenilgiden ve bozgundan sonra savaş alanından kolayca ayrılabilmişti. Kendine bağlı askerleri ile sancak beyi olduğu Amasya’ya doğru çekilmeye başladı. Candaroğullarına bağlı olan bir müfreze yolunu kestiği için bir çatışmaya girişmek zorunda kaldı ve bu çatışmadan galip olarak ayrıldı. Önce Tosya’ya gitti. Sonra Bursa’ya gitmek amacıyla Bolu’ya geçti. Fakat danışmanları Hacı İvaz Paşa, Amasyalı Beyazıd Paşa ve diğer deneyimli beyler bu kararına itiraz edip onu Bursa’ya gitmekten caydırdılar. Savaşın hemen sonunda ortaya çıkan gelişmeleri, özellikle Timur’un Bursa ve İzmir seferlerini ve babasının esirlik haberlerini, Bolu’dan casus haberciler vasıtası ile izledi.

Amasya ve yöresine Timur idareci emir olarak Kara Devletşah’ı atamıştı. Amasyalılar bu idareciden hiç hoşnut olmayıp Mehmet Çelebi’yi çağırdılar. O da 1403’te Bolu’dan gizlice 1000 kişilik bir kuvvetle ayrıldı. Amasya yöresinde kasaba ve köylere hücum ederek yağma toplamakla uğraşan Kara Devletşah üzerine ani bir baskın yapıp onu öldürdükten sonra Amasya’ya girdi.

Timur Anadolu beylerine eski beyliklerini geri vermiş olduğu ve Osmanlı idaresindeki araziler çok daralmış olduğu için Amasya Osmanlı arazilerinden ayrılmış bulunuyordu. Böylece Mehmet Çelebi’nin bu yörede hüküm sürmesi Osmanlı Devleti’ne bağlı yöresel bir idareci olarak değil de, Timur’un üst egemenliğini tanıyan, ondan emirlik için berat alıp ona yıllık tazminat veren, yarı-özerk Amasya Emirliği idaresinin bir Osmanlı şehzadesi tarafından üstlenilmesi şeklinde idi.

Mehmet Çelebi hükmü altında bulunan bu küçük ülkeyi korumak ve yeni topraklar edinip geliştirmek için bazı askerî harekata geçti. Niksar babası tarafından kendine dirlik olarak verilmişti; ama Kubadoğlu Ali Bey tarafından kuşatılmakta idi. Mehmet Çelebi ordusuyla Ali Bey üzerine gidip, onu bir çatışmada yenip Niksar’ı tekrar kendine bağladı. Canik bölgesinde bulunan Kubadoğulları, İnaloğulları, Taşanoğulları, Kadı Burhaneddin Ahmed’in damadı Mezid Bey adlı Türkmen beylikleri ve Köpekoğlu ve Gözleroğlu adlı eşkıya çeteleri ile çatışmalara girişip onları ortadan kaldırdı. Böylece emirlik alanınıTokat ve Sivas’a yörelerine genişletti. 1403’te Timur hâlâ Anadolu’da iken Amasya emirliği Orta Karadeniz-Orta Anadolu’da güçlü bir yarı-egemen ülke konumunu kazandı.

Başarılarını öğrenen Timur tarafından huzuruna çağrıldı. Kendisine Timur tarafından Osmanlı padişahlığı verilecek umudu ile onu görmek için Amasya’dan yola çıktı. Fakat Osmancık ve Murted’de Türkmen beyleri yolunu iki defa kestiler ve bu yüzden Amasya’ya geri dönmek zorunda kaldı. Durumu Timur’a haberci ile bildirdi. Timur bu özürünü kabul etti ve Amasya-Tokat-Sivas yörelerinden oluşan Rumiye-i Sugra bölgesi emiri olmasını onayladığına dair ona bir al damgalı bir berat, taç, kemer ve hırka gönderdi. Bu beratlı emaret olarak 1403’te Amasya’da üzerinde hem Timur hem kendi adı yazılı akçe darp ettirdi.

Danışmanı olan Subaşı Eyne Bey’in teklifi üzerine Bursa taraflarında bulunan kardeşi İsa Çelebi’ye bir mektup yazıp Anadolu’nun aralarında bölünmesini önerdi ise de İsa Çelebi kendisinin ulu karındaş olduğu nedeni ile bu teklifi kabul etmedi. Bunun üzerine Çelebi Mehmet 1404’te Bursa üzerine yürüdü. Kardeşi İsa Çelebi ile Ulubat Savaşı’na girişip galip çıktı. Bursa’ya girip Anadolu’da Osmanlı hükümdari olduğunu duyurdu. O zaman Semerkent’e dönmüş bulunan Timur’un öfkesini üzerine çekmemek için de kurnaz bir siyasetle Bursa’da Hicrî 806 tarihinde “Sikke-i müştereke” adı ile hem kendinin hem Timur’un adını taşıyan yeni gümüş sikkeler bastırdı. Bazı kaynaklara göre, Çelebi Mehmet, bu sıralarda Germiyanoğlu Yakup Bey’in yanında bulunan babasının cesedini Bursa’ya getirterek babasının yaptırmış olduğu cami yanına gömdürmüştür.

Çelebi Mehmet’i Bursa’dan çıkartmak için, kardeşi İsa Çelebi 1404-1405 yılları arasında bir sıra girişimde bulundu. Bursa’da bulunan Çelebi Mehmet üzerine, İsa Çelebi (önce Edirne’deki kardeşi Süleyman Çelebi’den aldığı ordu ile sonra Candaroğlu, Aydınoğlu, Saruhan ve Menteşe beylerinin vermiş oldukları askerler ile) üç defa yürüdü ise de, her seferinde Çelebi Mehmet onu yenilgiye uğratıp geri püskürttü. Sonunda İsa Çelebi Karamanoğullarına kaçt; ama Anadolu’da güçlü bir kuvvet haline gelmiş olan Çelebi Mehmet, Karamanoğlu beyi ile anlaşıp İsa Çelebi’yi Karamanoğlu ülkesinden attırdı. İsa Bey Sultanönü’nde bir müddet saklandı. 1406’da Eskişehir’de bir hamamda yıkanırken Çelebi Mehmet’nin adamları tarafından bir baskınla yakalanarak boğuldu.

Böylece Osmanlı Anadolu topraklarının tek hükümdarı olan Çelebi Mehmet bu sefer 1402’den beri Edirne’de bir meşru Osmanlı hükümdarı olarak tahtta oturan ve Osmanlı Rumeli topraklarını idare eden Süleyman Çelebi’nin tek rakibi oldu. 1406’da Emir Süleyman Rumeli’den topladığı askerle Bizans’ın desteği ile Anadolu’ya geçti. Bursa’da bulunan Çelebi Mehmet eli altında bulunan askerle bu hücuma karşı koyamayacağını anladı ve Bursa’yi bırakıp Amasya’ya çekilmek zorunda kaldı. Süleyman Çelebi Ankara’ya yürüyüp bu şehri de aldı ve Çelebi Mehmet’in eski idaresi altında bulunup fakat geri çekilmesi ile bıraktığı alanları talan etti. Süleyman Çelebi Bursa’da kalıp içki ve alemlerine burada da başlayınca 1406’da Çelebi Mehmet hemen bundan faydalanarak tekrar ordusuyla Bursa önüne geldi. Çelebi Mehmet ve Süleyman Çelebi orduları Yenişehir’de karşı karşıya geldiler. Bu sefer Çelebi Mehmet’in savaşı kazanma olasılığı bulunmaktaydı. Fakat Süleyman Çelebi’nin çok deneyimli başveziri Çandarlı Ali Paşa türlü manevralarla Çelebi Mehmet’in danışmanlarına etki yaparak ve onları kandırarak Çelebi Mehmet ordusunun dağılmasına neden oldu. Bunun üzerine, bu sefer ordusuz, Çelebi Mehmet Amasya’ya döndü.

Çelebi Mehmet Amasya’da üç yıl kalıp tekrar Osmanlı tahtına geçmek için planlar ve hazırlıklar yaptı. Bu sırada Süleyman Çelebi Bursa’da meşru Osmanlı hükümdarı olarak bulunmakta, bazı Anadolu beyliklerine üst egemenliğini kabul ettirmekten başka etkili siyaset gütmemekte ve zevk ve eğlence ile vaktini geçirmekte idi. Çelebi Mehmet 1409’da yeni bir strateji uygulama planına girişti. Bu plana göre kardeşi Musa Çelebi Rumeli’ye gidip asker toplayıp batıdan Balkanlardan Süleyman Çelebi üzerine hücum edecek ve Süleyman Çelebi bu gaile ile uğraşmak için Rumeli’ye geçince Çelebi Mehmet Anadolu’da harekete geçip Bursa’yı geri alacaktı. Eğer Musa Çelebi başarılı olursa Süleyman Çelebi yerine Rumeli’de hükümdar olacaktı.

1409’da bu planı uygulamak için Çelebi Mehmet kuzeni olan Karamanoğlu Mehmet Bey ile temasa geçti. Musa Çelebi Karamanoğlu’na sığınmıştı. İki kardeş Kırşehir civarında bulunan Cemele kalesinde buluştular ve bu plan üzerine anlaştılar. Musa Çelebi Candaroğulları yardımı ile Sinop üzerinden bir gemi ile Eflak’a gitti ve Eflak Voyvodası Mircea tarafından iyi karşılandı. Bu gelişmeyi Süleyman Çelebi Ayasoluğ’da iken öğrendi ve Süleyman Çelebi Aydınoğlu Cüneyd Bey’i yanına alarak Rumeli’ye geçti. Süleyman Çelebi çok geçmeden İstanbul’a gidip Bizans İmparatoru’yla müzakereler yaptı ve yapılan anlaşmaya göre Bizans’dan destek görmek için, olabilecek anlaşmazlıklar, Trakya’nın emniyeti ve Boğazlardan rahat geçişi sağlamak amacıyla erkek kardeşi Kasım’ı ve kız kardeşi Fatıma’yı Bizans’a rehin olarak verdi. Hemen ardından Karamanoğulları ile barış anlaşması yaptı. Ama Süleyman’Çelebi’nin Bursa’dan ayrılması fırsatını iyi değerlendiren Çelebi Mehmet hemen ordusuyla Bursa’ya geldi ve Anadolu’daki Osmanlı hükûmetine el koydu. Planın ikinci aşaması Çelebi Mehmet’in hiçbir müdahalesi gerekmeden Musa Çelebi’nin Balkanlarda kurduğu ordu ile Süleyman Çelebi’yle mücadele etmesi ve sonunda 13 Şubat 1411’de Edirne’ye bir baskınla Süleyman Çelebi’yi kıstırıp onun kaçarken öldürülmesi ile sonuç buldu. Musa Çelebi Edirne’de Osmanlı Rumeli hükümdarı olarak tahta geçti ve böylece yapılan stratejik plan başarı ile uygulanmış oldu. Ancak her iki taraf da Osmanlı devletinin yeniden tek devlet olması idealinden vazgeçmiş değildi.

Edirne’de hüküm sürmeye başlayan Musa Çelebi Bizans’in yerine geçtiği kardeşi Süleyman Çelebi’ye verdiği yakın desteği cezalandırmak için Konstantinopolis’i kuşatmaya başlamıştı. Bizans İmparatoru II. Manuel bu kuşatmayı ortadan kaldırmak için en iyi çare olarak Musa Çelebi’nin siyasal gücünün kardeşi Mehmet Çelebi’nin çabaları ile tümüyle elimine edilmesinde buldu. Bu nedenle 1412 başlarında Bursa’da sarayda hüküm süren Çelebi Mehmet’e gizli bir elçi gönderdi. Bu gizli elçinin görevi Bizans İmparatoru II. Manuel’in kendisiyle ittifak yapmak istediğini ve bu ittifak yoluyla Çelebi Mehmet’in Edirne’yi ve Rumeli’yi eline geçirmesine destek sağlamak istediğini ve böylece tekrar Osmanlı İmparatorluğu’nun Çelebi Mehmet sultanlığı altında tek bir devlet olmasını arzu ettiğini bildirmek idi. Bu tek Osmanlı Devleti’nin padişahı olma imkânı Çelebi Mehmet için Bizans’la ittifakın istenmezliğinden çok daha önemli geldi ve Çelebi Mehmet bu ittifak teklifini kabul etti.

Çelebi Mehmet çok geçmeden Üsküdar’a (o zamanki Chrysopolis’e) gitti. Orada II. Manuel tarafından karşılandı ve birlikte bir Bizans gemisiyle Konstantinopolis’e gidip Çelebi Mehmet imparatorluk sarayında misafir edildi. II. Manuel misafirini çok saşaalı şekilde ağırlandı. Bu devam etmekte iken Mehmet Çelebi’nin Osmanlı ordusu Boğaz’taki Bizans gemileri ile Rumeli yakasına nakil edilmekteydi. Dört gün içinde 15.000 kişilik Anadolu Osmanlı ordusu Rumeli yakasına taşındı. Bu ordunun başına geçen Mehmet Çelebi Konstantinopolis’i kuşatan Musa Çelebi’nin Rumeli ordusu üzerine yürüdü. İki ordu Ekim 1412’de Çatalca yakınlarında İnceğiz’de çarpışmaya başladılar. İnceğiz Muharebesi Çelebi Mehmet ordusu için başarılı olmadı ve Musa Çelebi ordusu üstün duruma geçti. Mehmet Çelebi bu savaşta yaralandı; önce İstanbul’a ve oradan da Bursa’ya geri çekildi.

Fakat bu yenilgi Çelebi Mehmet’i yıldırmadı. Anadolu’ya dönüp yeni asker topladı. Sırp Despotundan da asker takviyesi sağladı. Bu sefer yeni Anadolu Osmanlı ordusu yine Rumeli yakasına geçirildikten sonra II. Manuel’in sağladığı Bizans güçleri ve Sırp Despotu Stefan Lazaroviç’in gönderdiği küçük bir Sırp ordusu ile takviyeli olarak, birlikte Konstantinopolis yakınlarında olan Musa Çelebi ordusuyla ikinci bir muharebeye başladı. Bu muharebe de Musa Çelebi’nin ordusunun üstün gelmesi ile sonuçlandı.

Fakat Mehmet Çelebi hâlâ tek padişah olmaya azimliydi ve Musa Çelebi’ye hücumdan caymadı. 11 Haziran 1413’te bir yeni Anadolu Osmanlı ordusu Bizans gemileri ile Boğaz’dan Rumeli yakasına geçirildi ve bir üçüncü muharebeye hazırlık başladı. Bu sırada Musa Çelebi ordusunda bir kriz yaşanmakta idi. Musa Çelebi haşinliği ve merhametsiz tutumları ile askerini gücendirmiş idi. Şeyh Bedreddin’e verdiği destek daha muhafazakar olan Sunnileri ve ulemayı kendine düşman etmişti. Musa Çelebi gazi sınır beylerinin talanlar ve tımarları dolayısıyla kazandıkları servet ve siyasal gücü kısmaya çalışmış ve Kapıkulu ümerasına önem vermeye başlamıştı. Örneğin akıncı beyi Mihaloğlu, Musa Çelebi ile ilişkisini kesmiş; Makedonya’da sınır boyunca akınları kendisi tertip etmiş ve bu akınlarda kazanılan talan malları ve tımar topraklarını da kendine göre paylaştırmaya başlamıştı. Candarlı vezirleri Çelebi Mehmet ve II. Manuel ile Musa Çelebi’yi tahtan indirmek gizli haberleşmeye başlamışlardı. Musa Çelebi’nin ordusunda çıkan dağılma nedeni ile geri çekilmesi ile iki ordu ancak Vize’de çarpışmaya girdiler ve Vize Muharebesi’nde Çelebi Mehmet ordusu galip geldi. Musa Çelebi kaçmaya başladı.

Fakat Musa Çelebi hâlâ yakalanmadığı için Çelebi Mehmet güçleri Edirne kapılarına geldiğinde Edirneliler Musa Çelebi’nin güçlenip geri geleceği ihtimalini düşünüp Çelebi Mehmet ve ordusunu şehre sokmadılar. Bütün ümeranın katılması ile Çelebi Mehmet, Musa Çelebi’yi ve çok küçük kalmış ordusunu kovalamaya başladı. Musa Çelebi ordusuyla Samako yakınlarında Çamurlu Derbent’de sıkıştırıldı. 5 Temmuz 1413’te yapılan küçük çaplı Çamurlu Derbent Savaşı çok şiddetli oldu. Musa Çelebi yaralandı ve kaçmaya başladı. Bazı kaynaklara göre Musa Çelebi kaçarken bir çeltik arığına düştü ve yakalayanlar tarafından boğulup öldürüldü. Diğer kaynaklara göre ağır yaralı çadırında yatarken yakalanıp Çelebi Mehmet’in emri ile öldürüldü.

İsa Çelebi ve Emir Süleyman gibi, en sonunda Musa Çelebi’nin cenazesi de Bursa’ya gönderilerek babası Yıldırım’ın türbesine gömüldü.

5 Temmuz 1413’te Fetret Devri veya fasıla-ı saltanat devri kapandı ve Çelebi Mehmet Osmanoğullarının tek padişahı oldu. On bir yil süren Fetret Devrinde birbirinden cesur ve hükümdarlık etmeye yetenekli dört kardeşin birbirleriyle ölüm kalım savaşları yapmaları sonunda, en metanetli ve becerikli kardeşin tahtı ele geçirmesi ve Ankara Savaşı ile parça parça olmuş ve moralini yitirmiş Osmanlı devletinin kendini tekrar toparlaması ile sonuç bulmuştur. Bu sonucun şüphesiz Çelebi Mehmet’in tekrar tekrar hükümdarlığı kendi elinde toplamak için birçok kendi aleyhine fena sonuçlar doğmasına rağmen devamlı mücadele etmesi ve diğer kardeşlerinden şanslı olması nedeniyle ortaya çıktığı iddia edilebilir. Diğer taraftan, Çelebi Mehmet’in kardeşleri Süleyman, İsa ve Musa’nin gosterdikleri kusurlarından daha uzak olması ve yaşça küçük olmasına rağmen onlardan daha fazla dengelilik ve olgunluk göstermesi de bu sonucu açıklamaya yardım eder. Bu sonucun son bir açıklaması ise Çelebi Mehmet’in diğer kardeşlerinden en büyük farkının Anadolu medeniyetinin ve Anadolu kültürünün önemli merkezi olan Amasya’da çok yönlü bir kişi olarak yetişmesi ve olgunlaşması olabilir.